Japan Animation มีประวัติศาสตร์อันยาวนานของแอนิเมชั่น ซึ่งอันที่จริงแล้วมันมีอายุย้อนไปถึงช่วงต้นของการ์ตูนแอนิเมชั่น สันนิษฐานว่าอนิเมชั่นญี่ปุ่นอาจมีมาก่อนการ์ตูนแอนิเมชั่นของอเมริกา ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2548 หนังสือพิมพ์ญี่ปุ่นหลายฉบับรายงานว่ามีการค้นพบภาพยนตร์แอนิเมชั่นเรื่องเล็กในบ้านพักส่วนตัวในเมืองเกียวโต ประเทศญี่ปุ่น
ภาพยนตร์ที่มีอายุมากนั้นมีความยาวประมาณห้าสิบเฟรมซึ่งใช้เวลาฉายนานกว่าสามวินาทีเล็กน้อย ภาพยนตร์เรื่องนี้แสดงให้เห็นเด็กผู้ชายสวมชุดกะลาสีวาดภาพตัวละครสำหรับภาพยนต์บนกระดานดำ
น่าเสียดายที่แอนิเมชั่นญี่ปุ่นยอดเยี่ยมนี้ยังไม่เป็นที่รู้จักมากนัก อ่านมังงะ ผู้ค้นพบไม่สามารถระบุศิลปินที่รับผิดชอบการค้นพบครั้งยิ่งใหญ่นี้ได้ และพวกเขายังไม่สามารถระบุอายุที่แน่นอนของภาพยนตร์ได้อย่างแม่นยำ อย่างไรก็ตาม สันนิษฐานว่าภาพยนตร์เรื่องนี้อาจมีอายุประมาณปี 1907 ซึ่งจะมีขึ้นก่อนการ์ตูนแอนิเมชั่นญี่ปุ่นเรื่องแรกภายในสิบปี และการ์ตูนแอนิเมชั่นอเมริกันเรื่องแรกภายในเจ็ดปี
แม้ว่าภาพยนตร์เรื่องนี้จะไม่สามารถระบุวันที่ได้อย่างแม่นยำ แต่คณะลูกขุนยังคงประกาศให้ภาพยนตร์เกียวโตเรื่องเล็กเป็นแอนิเมชั่นเรื่องแรกของโลก
แต่ถึงแม้จะไม่มีการค้นพบภาพยนตร์เกียวโต อนิเมะญี่ปุ่นก็ยังมีประวัติศาสตร์อันยาวนาน ในเดือนมกราคมปี 1917 อนิเมสั้นความยาว 5 นาทีแรกได้รับการฉายต่อสาธารณะและสร้างโดย Oten Shimokawa, Mukuzo Imokawa the Doorman (Imokawa Mukuzo Genkanban no Maki)
ในการผลิตอะนิเมะญี่ปุ่น Mukuzo Imokawa the Doorman Oten Shimokawa ใช้เทคนิคที่คล้ายกันซึ่งใช้ในอนิเมชั่นสั้นเรื่องแรกชื่อ Humorous Phases of Funny Faces ซึ่งผลิตโดย J. Stuart Blackton ในปี 1906
ในการสร้างแอนิเมชั่น ศิลปินทั้งสองได้ใช้เทคนิคสต็อปโมชันที่แทบจะประยุกต์ใช้กับหลักการเดียวกันกับที่ทำให้ภาพนิ่งในหนังสือพลิกปรากฏราวกับว่าแอนิเมชั่นเคลื่อนไหวด้วยความเร็วเท่านิ้วโป้ง วิธีการที่สำคัญคือการวาดภาพแยกกันบนกระดานดำด้วยชอล์ค ถ่ายเป็นกรอบหรือสองกรอบแล้วแก้ไขเล็กน้อยแล้วถ่ายใหม่อีกครั้ง
ในขณะที่ Japan Animation ก้าวเข้าสู่ทศวรรษ 1920 เช่นเดียวกับแอนิเมชั่นการ์ตูน มีภาพยนตร์ดีๆ มากมายที่ผลิตเป็นละครสั้น บางส่วนที่เก่าแก่ที่สุดและยังคงสามารถดูได้ในปัจจุบัน ได้แก่ ภูเขาที่หญิงชราถูกทอดทิ้ง (Obasuteyama) 1924 และ Tortoise and the Hare (Usagi to Kane) 1924
ภาพยนตร์อนิเมะที่โดดเด่นที่สุดเรื่องหนึ่งในทศวรรษที่ 20 คือ The Whale (Kujira) 1927 เนื่องจากเป็นอนิเมะเรื่องแรกที่มีเสียงประกอบ อนิเมะเรื่องวาฬ (คุจิระ) เป็นเพียงภาพเงาที่เรียบง่าย เคลื่อนไหวได้ทันท่วงทีด้วยเพลงบรรเลงของ William Tell Overture
แต่ถึงกระนั้น แอนิเมชั่นญี่ปุ่นก็มีประวัติอันยาวนานที่ย้อนไปถึงประวัติศาสตร์ของแอนิเมชั่นที่ขยายใหญ่ขึ้นเรื่อยๆ และในขณะที่อนิเมชั่นอนิเมะเหล่านี้จำนวนมากถูกลืมไปแล้ว แต่อนิเมะญี่ปุ่นยังคงคิดค้นและคิดค้นรูปแบบแอนิเมชั่นใหม่ๆ สำหรับผู้ชมทั่วโลก